プロジェクト概要
GenXFlo は、PCR とシーケンスの各工程を見通しよく可視化する SequoiaAT のプラットフォームです。各ツールをコンポーネント化し、Nextflow コードと Dockerfile を生成して簡単に実行できます。Boston と Cambridge、San Diego、Bay Area、Raleigh Durham、New York City、Philadelphia、Chicago、Seattle、Houston、Indianapolis、Austin などの主要拠点にあるチームを支援しています。
- ビジュアルなステッチ機能で工程を正しい順序に連結
- 入力、出力、参照パスを検証
- ノーコードで開始し、開発者向けの詳細設定も可能
主な利用者
- PCR とアンプリコン解析を運用する Boston、Cambridge、San Diego、Bay Area、Raleigh Durham の研究チーム
- ラボから計算基盤までのフローを標準化するバイオインフォマティクス部門
- 再現性ある実行を求める臨床ラボや CRO
PCR ワークフローの流れ
サンプルとメタデータの取り込み
入力と参照のパスを定義します。命名規則をそろえると解析が安定します。
ツール選択
トリミング、アライメント、バリアントコールなどのコンポーネントを選択します。必須項目は送信前に確認されます。
連結と検証
コンポーネントを順に接続します。キャンバスに流れが反映され、エラーを早期に検出します。
コード生成
GenXFlo が Nextflow スクリプトと Dockerfile を生成します。ひとつのアーカイブにまとめて出力します。
実行
アーカイブを展開し、make run を実行します。Docker がイメージを取得して処理を開始します。
結果
出力は指定したフォルダへ保存されます。すぐに解釈とレポート作成へ進めます。
選ばれる理由
80% パイプライン準備時間を短縮
100% 再現可能なビルド
0 外部ネットワークへのデータ送信
15 分で初回実行
Docker による再現性
各コンポーネントは Dockerfile とともに提供されます。ノート PC、クラスター、クラウドのどこでも一貫した実行が可能です。
必要に応じたコード制御
研究者は既定値で迅速に開始できます。開発者は引数調整やステップ拡張が可能です。
テクノロジースタック
- フロントエンド: React
- バックエンド: Spring Boot, Rust, Python
- データ: PostgreSQL
- ワークフロー: Nextflow, Make
- コンテナ: Docker
はじめかた
- アプリで新しいパイプラインを作成
- 入力、出力、参照を設定
- ツールを選び、ステップを接続
- 送信してアーカイブをダウンロード
- Docker を整えた上で
make runを実行
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